水谷勝慶の息子。常陸に生まれる。水谷氏は結城家の譜代の家臣で常陸下館城主。結城秀康が越前に移封される際、水谷家の家督を継いでいた叔父・勝俊が徳川宗家の家臣になったため、勝俊の代わりとして正慶が越前に行き秀康に仕える。大坂の陣では松平忠直に従って出陣した。
参考文献:福井市史 資料編 4